농림축산식품부에서 주관하는 각종 조성사업 보조금은 농업·축산·식품 산업의 경쟁력 강화를 목적으로 정부와 지자체가 공동으로 지원하는 재정지원금입니다. 이러한 보조금은 농가, 영농조합, 식품 관련 중소기업 등이 신제품을 개발하거나 시제품을 제작하고, 포장 디자인을 개선하는 등 산업화 추진 과정에서 필요한 비용을 보조받을 수 있도록 마련된 제도적 지원 장치입니다. 다시 말해, 농업과 식품산업의 공익적 발전을 위한 국가적 투자라 할 수 있습니다.
그러나 만약 이러한 보조금이 ‘부정 사용’으로 간주될 경우, 단순히 보조금만 환수되는 데 그치지 않고, 향후 모든 정부 지원사업에서 참여 제한이라는 중대한 제재를 받을 수 있습니다. 이는 단순한 행정처분이 아니라, 기업의 신뢰와 존속 자체를 흔들 수 있는 치명적 결정이 될 수 있습니다.
그렇기 때문에 실제로 보조금 집행 과정에서 일부 절차적 하자나 경미한 회계 착오가 있었을 뿐인데, 이를 부정 사용으로 오인받아 과도한 제재가 내려진 경우에는 위반 행위의 실질적 내용과 고의성 여부, 불법이익의 규모 등을 면밀히 검토하여 제재의 적정성을 다투어야 합니다.
이러한 사례로 오늘은 농림축산식품부 산업화 조성사업 보조금을 부정 사용한 것으로 판단되어 보조금 교부결정이 취소되었으나, 이를 취소한 승소사례를 살펴보도록 하겠습니다. 이 사례는 행정청의 처분이 항상 타당한 것은 아니라는 점, 그리고 법률적 대응을 통해 제재의 취소 또는 감경이 가능함을 보여주는 중요한 판례적 의미를 갖습니다. 현재 유사한 사안으로 부당한 통보나 환수처분을 받으셨다면, 섣불리 대응하기보다는 관련 법령과 판례에 근거한 전문적인 법률 검토와 대응 전략을 마련하시기 바랍니다.
농림축산식품부 조성사업 보조금 교부결정 취소처분 취소 사례
이 사건은 농림축산식품부와 지방자치단체가 공동으로 추진하는 산업화 조성사업을 통해 지원금을 받은 기업들이, 이후 감사원의 지적에 따라 군청으로부터 보조금 교부결정 취소 및 환수 통보를 받은 것에 대해 이를 다투며 제기한 행정소송 사건입니다.
원고 기업들은 해당 처분이 잘못된 법령 적용과 대상 특정의 오류에 근거한 위법한 행정처분이라 주장했습니다. 즉, 행정기관이 보조금법과 지방보조금법을 혼용·오적용하였고, 실제 보조금 교부대상이 아닌 자에게 환수 처분을 내린 점 등을 문제 삼았습니다. 또한 일부 증빙자료의 미비가 있더라도 이를 곧바로 ‘보조금 부정수급’으로 단정할 수 없으며, 전액 환수는 비례의 원칙에도 반한다는 점을 강조했습니다.
법원 역시 이러한 원고의 주장을 받아들였습니다. 재판부는 행정청이 보조금 관련 법령을 정확히 구분하지 않고 처분을 내린 점, 환수처분의 상대방을 명확히 특정하지 않은 점 등을 지적하며, 이러한 하자는 행정처분으로서의 정당성을 결여한 것이라고 판단했습니다. 또한 일부 절차상의 미비나 형식적 흠결만으로 전액 반환을 명령한 것은 과도한 조치로, 비례의 원칙에 위배되는 위법한 처분이라고 판시했습니다.
이에 따라 창원지방법원은 군청이 내린 보조금 교부결정 취소 및 환수 처분을 모두 취소하는 판결을 선고하였으며, 이로써 원고 기업들은 억울하게 수억 원의 보조금을 반환해야 하는 위기에서 벗어날 수 있었습니다.


이 사건은 행정기관이 내린 환수 처분이라 하더라도 그 자체로 정당하다고 볼 수 없으며, 법적 근거와 절차를 면밀히 따져보면 결과를 충분히 뒤집을 수 있다는 점을 보여주는 대표적인 사례입니다.
보조금은 국민의 세금으로 집행되는 만큼 철저한 관리와 투명한 사용이 필요하지만, 실제 현장에서 행정기관이 법령을 잘못 적용하거나, 단순한 서류 미비나 형식적 절차상의 하자만으로 부정수급을 단정하는 경우가 종종 발생합니다. 이러한 경우 기업 입장에서는 억울한 환수처분을 받게 되고, 나아가 향후 지원사업 참여제한 등 기업 운영 전반에 중대한 타격을 입을 수 있습니다.
따라서 환수처분 통보를 받았다면 혼자서 대응하기보다, 보조금 제재처분 사건에 경험과 전문성을 갖춘 변호사의 조력을 받아 신속히 대응하는 것이 무엇보다 중요합니다. 특히 행정소송이 진행되는 동안 처분의 효력이 그대로 집행된다면 기업은 회복하기 어려운 손실을 입을 수 있으므로, 집행정지 결정을 신속히 받아내는 것이 사건 초기 대응의 핵심입니다.
최동욱 변호사는 참여제한, 환수처분, 정부지원금 및 연구비 환수 등 각종 제재처분 관련 소송에서 다수의 승소사례를 축적해 온 경험을 바탕으로, 부당한 제재로 어려움을 겪는 의뢰인께서 위기를 극복할 수 있도록 전략적이고 실질적인 법률조력을 제공하고 있습니다.
또한 국내 대형로펌(법무법인 세종)에서 국내 주요 기업들의 행정·민사소송을 담당하며 쌓은 풍부한 실무경험을 토대로, 사건의 핵심 쟁점을 신속하고 정확하게 파악하여 최적의 대응전략을 제시합니다.
현재 정부보조금 환수나 참여제한 통보 등으로 어려움을 겪고 계신다면, 혼자 고민하기보다 전문 변호사의 자문을 통해 신속하고 정확한 대응 방안을 마련하시길 권해드립니다. 관련하여 구체적인 상담이나 조력을 원하신다면 언제든 아래 연락처로 문의해 주시기 바랍니다.




